2003年周琪從法國留學歸國，留學期間受聘擔任科技部海外特聘政策專家。在動物胚胎發育以及體細胞克隆研究領域，創造了細胞核移植“壹步法”，證明了小鼠克隆的可重復性，並獲得專利；2003年首次成功獲得體細胞克隆大鼠，2004年首次成功克隆雪貂；研究論文發表在Science等刊物，並得到Nature、Science 的高度評價。用誘導性幹細胞（iPS細胞）成功進行“四倍體補償實驗”，在世界上第壹次證明了iPS細胞的全能性，此項研究成果發表於Nature，引起了國內外同行的高度重視。Nature、Science、Times等三千多家媒體高度評價這壹“標誌性”工作；被認為培育出的iPS鼠“小小”宣布了iPS這場革命的勝利，接過了“多利羊”點燃的火炬。此項研究入選美國《時代周刊》評選的2009年度十大醫學突破。他的系列突破性工作發表在 Nature，Scienc，MCP，Development等多家權威科研刊物。並多次獲得國內外科技大獎，贏得科技界多方贊譽。
頒獎詞：
壹只名叫“小小”的iPS小鼠的誕生，宣布了壹場革命的勝利，同時以中國人的智慧延續了克隆羊“多利”的傳奇，他創造了克隆動物的奇跡，更創造了科研工作的奇跡——動物研究所周琪。