發明專利申請的駁回既可以是國家知識產權局初步審查且申請人陳述意見或者修改後予以駁回，也可以是在經過實質審查且申請人陳述意見或者修改後才予以駁回。
經過實質審查，審查員認為申請存在實質性缺陷不能授予專利權的，將給申請人至少壹次陳述意見和/或進行修改申請文件的機會。如果申請人在指定的期限內未 提出有說服力的意見和/或證據，也未對申請文件進行符合專利法及其實施細則規定的修改，或者修改後的申請文件中仍然存在足以用已通知過申請人的理由和證據 予以駁回的缺陷，則審查員可以作出駁回決定。