專利管理機關可以處理以下糾紛:1，專利侵權糾紛；2、發明專利申請公布後，但在專利權被授予前，他人實施該發明的費用糾紛；3、專利申請權和專利權歸屬糾紛；4.職務發明人報酬糾紛。《中華人民共和國專利法》第六十條未經專利權人許可實施專利，即侵犯專利權，發生糾紛的，由當事人協商解決；不願協商或者協商不成的，專利權人或者利害關系人可以向人民法院起訴或者請求管理專利工作的部門處理。管理專利工作的部門認定侵權行為成立時，可以責令侵權人立即停止侵權行為。當事人對處理決定不服的，可以在收到處理通知之日起15日內，依照《中華人民共和國行政訴訟法》向人民法院提起訴訟。侵權人期滿不起訴又不停止侵權行為的，管理專利工作的部門可以申請人民法院強制執行。應當事人的請求，管理專利工作的部門可以就專利侵權賠償金額進行調解；調解不成的，當事人可以依照《中華人民共和國民事訴訟法》向人民法院提起訴訟。
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