專利合同糾紛案有如下解決方法：協商、投訴、起訴等。根據相關法律規定，因專利產生的糾紛，由當事人協商解決，當事人不願協商或者協商不成的，專利權人或者利害關系人可以向人民法院起訴，也可以請求管理專利工作的部門處理。
法律客觀：《中華人民***和國專利法》
第六十五條
未經專利權人許可，實施其專利，即侵犯其專利權，引起糾紛的，由當事人協商解決；
不願協商或者協商不成的，專利權人或者利害關系人可以向人民法院起訴，也可以請求管理專利工作的部門處理。管理專利工作的部門處理時，認定侵權行為成立的，可以責令侵權人立即停止侵權行為，當事人不服的，可以自收到處理通知之日起十五日內依照《中華人民***和國行政訴訟法》向人民法院起訴；
侵權人期滿不起訴又不停止侵權行為的，管理專利工作的部門可以申請人民法院強制執行。進行處理的管理專利工作的部門應當事人的請求，可以就侵犯專利權的賠償數額進行調解；
調解不成的，當事人可以依照《中華人民***和國民事訴訟法》向人民法院起訴。