專利權轉讓與專利申請權轉讓的本質區別在於：
(壹)、專利權轉讓中訂立合同的標的是專利權，而專利申請權轉讓合同的標的是專利申請權；
(二)、專利權轉讓發生在專利授權之後，轉讓人為專利權人，而專利申請權轉讓則發生在專利授權之前，轉讓人為專利申請人。