法律分析：專利入股合作支公司簽訂專利協議書流程如下：1、簽訂轉讓合同；2、到專利局辦理登記手續，並由專利局公告，合同自登記之日起生效；3、若專利申請人為兩個或者兩個以上的人，專利申請權的轉讓必須經全體權利人同意，中國單位或者個人向外國人轉讓專利申請權或者專利權的，必須經國務院對外經濟貿易主管部門會同國務院科學技術行政部門批準。
法律依據：《中華人民***和國專利法》第十二條 任何單位或者個人實施他人專利的，應當與專利權人訂立實施許可合同，向專利權人支付專利使用費。被許可人無權允許合同規定以外的任何單位或者個人實施該專利。