專利申請被宣告無效後的法律後果是：專利權將被視為自始不存在，對在宣告專利權無效前人民法院作出並已執行的專利侵權的判決、調解書，已經履行或者強制執行的專利侵權糾紛處理決定，以及已經履行的專利實施許可合同和專利權轉讓合同，不具有追溯力。但是因專利權人的惡意給他人造成的損失，應當給予賠償。
法律客觀：《中華人民***和國專利法》第四十七條 宣告無效的專利權視為自始即不存在。 宣告專利權無效的決定，對在宣告專利權無效前人民法院作出並已執行的專利侵權的判決、調解書，已經履行或者強制執行的專利侵權糾紛處理決定，以及已經履行的專利實施許可合同和專利權轉讓合同，不具有追溯力。但是因專利權人的惡意給他人造成的損失，應當給予賠償。 依照前款規定不返還專利侵權賠償金、專利使用費、專利權轉讓費，明顯違反公平原則的，應當全部或者部分返還。