個人申請和公司申請各有優點，個人申請歸個人所有，與公司無關，職務發明由個人申請容易產生專利權屬糾紛；個人申請最大的好處就是費用低，可以享受減免緩，減緩前三年所交年費，只要交15% 。在部分地區有政府資助，但資助的標準要低於公司。
公司申請權益歸公司所有，無權屬糾紛，在高新技術企業認定、公司上市做價方面比較易操作。公司申請在費用上辦理減緩比較復雜，如無減緩，費用相對要高，公司申請在部分地區可享受政府補貼、利於評優、申報高新技術企業、進行專利質押等等。公司申請有利於企業品牌宣傳，利於後期融資。
職務發明人與所在單位訂有合同，對申請專利的權利和專利權的歸屬作出約定的，從其約定。
總之，在申請專利時，要充分考慮關於未來的成功收益的分配,不要有糾紛的隱患。
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