如果申請人未辦理實際審理請求手續，專利局將等待申請人辦理實際審理請求手續；自申請日起滿三年，申請人未提出實審請求或者實審請求未生效的，該申請視為撤回。
進入實際審理程序的申請將按照進入實際審理程序的順序等待實際審理。在實際審理中，審查員會在檢索的基礎上，對專利申請是否具有新穎性、創造性、實用性等專利法規定的實質性條件進行全面審查。經審查，發現不符合授權條件或者存在各種缺陷的，應當通知申請人在規定時間內陳述意見或者進行修改(首次審查回復意見通知書的期限為4個月)。申請人在指定期限內未答復的，該申請視為撤回。經過至少壹次答復或者修改，仍不符合要求的，駁回申請。由於實際審判的復雜性，審查期壹般需要1年或更長時間。
發明專利申請在實質審查中未發現駁回理由，或者經申請人修改陳述後缺陷已經消除的，審查員發出授權通知書，該申請按要求進入授權準備階段。