（1）轉基因化食品改變了我們所食用食品的自然屬性，它所使用的生物物質不是人類食品安全提供的部份，並未進行較長時間的人體安全性試驗，這會對人體構成極大的健康危害。
（2）轉基因化食品會產生不可預見的生物突變，會在食品中產生較高水平和新的毒素。
（3）過敏或變態反應：基因技術會在食品中產生不能預見的和未知的變態反應原。科學家把巴西胡桃的特性移植到黃豆上去，結果卻使壹些對胡桃過敏的人在攝取黃豆後有產生過敏性反應的可能。
（4）轉基因食品中減少食品的營養價值或降解食品中重要的成份：美國的研究資料表明，在具有抗除草劑基因的大豆中，異黃酮類激素等防癌的成份減少了。基因化食品的虛假新鮮感迷惑消費者,有光澤的紅色蕃茄能貯藏幾周，但營養價值較低。
（5）轉基因技術采用耐抗菌素基因來標識轉基因化的農作物，這就意味著農作物帶有耐抗菌素的基因。這些基因通過細菌而影響我們。英國的研究顯示，轉基因作物中的突變基因可能會進入到生物體內，其結果可能會導致新的疾病。如果類似結果發生在人和動物體內，就可能培養出功效最強的、抗菌素也無法殺死的超級細菌。
（6）2007年，法國科學家證實：孟山都公司生產的壹種轉基因玉米對人體肝臟和腎臟具有毒性。