1、親和層析：利用抗體特異性識別作用分離抗體。通常會使用吸附劑，例如蛋白A、蛋白G或蛋白L等針對抗體常見的重、輕鏈、Fc區等部位進行親和層析。
2、離子交換層析：利用分子中表面帶電的殘基與帶相反電荷的離子交換基質相互作用，以特異性地純化目標分子。可以根據抗體的等電點進行選擇。
3、凝膠過濾層析：利用孔徑大小選擇性分離抗體和其他分子，以除去大分子雜質。
4、反相色譜層析：根據溶液中目標分子和汙染物分子的親水性不同，利用靜電作用力分離抗體。反相色譜具有對離子強度不敏感等優勢，在抗體的提純過程中被廣泛應用。
單克隆抗體提純方法的選擇會受到許多因素影響，例如母液濃度、陽離子汙染、PH值等。