缺點之壹，在當前技術水平下，磁流體推進技術成本高，速度慢。
缺點之二，該技術需要大型發電機，增加船只或潛艇重量，而驅動發電機的動力系統如直接驅動傳統推進器速度高於MHD技術。
可行的改進方案是在傳統的潛艇上加裝MHD驅動，利用電池供電。保證潛艇在作戰狀態時的暫時“隱身”。