高鐵動車可以，少部分火車不可以。
早期的火車衛生間基本上采用的是直排式廁所，也就是排泄物直接通往車下的軌道上，列車停站時，衛生間是禁止使用的。
現在，列車上廁所已發生翻天覆地的變化，越來越多的火車開始采用集便裝置，動車的開行是個巨大轉折點。高鐵、動車、直達特快和部分近些年新造的快速列車，衛生間采用真空集便器，類似於飛機上的衛生間，沖水時會有吸氣的聲音。
動車站內廁所運行原理
真空集便器負責把便便和其他汙物壓縮在壹起輸送到汙物箱內，到站後再由汙物車抽走集中處理。當動車進站停車時，衛生間依然可以正常使用。
動車組列車的廁所設在每節車廂的兩端，有坐便式衛生間和蹲便式衛生間。需要註意的是，列車上的廁所是不分男廁或女廁的。
同時車廂上方的電子屏，會實時顯示衛生間使用情況。當人形標誌顯示綠色時表示沒人，人形標誌顯示紅色時則表示有人。