1、不同歐盟成員國對於藥品專利鏈接制度的態度不壹致，這使得在統壹歐洲專利制度下統壹實施藥品專利鏈接制度面臨難以逾越的客觀障礙。
2、歐盟始終堅持對藥品創新實施強保護策略，無論是試驗數據保護制度，還是補充保護證書制度，都是傾向於加強對創新藥的保護的。
3、藥品專利鏈接制度的最主要目的在於在仿制藥上市前能提前解決糾紛，及時制止可能侵權的仿制藥上市引發的專利懸崖效應給創新藥企業造成損失。仿制藥壹旦上市，不論最終哪壹方勝訴，都將給創新藥造成不可逆轉的重大影響。而歐盟通過其快速、有效、便捷的訴前禁令制度的實施實現了藥品專利鏈接制度所要達到的主要目的，及時、有效制止可能侵權的仿制藥的上市，使創新藥商能夠快速獲得救濟。