這種情況下，3000元應該給妳，900元不能扣，專利管理費也不應該扣，因為專利是公司的專利。不僅如此，如果公司實施了這項發明專利，妳還可以獲得稅後利潤總額的2%。如果公司許可他人使用這項專利，妳也應該獲得扣除稅費後許可費的10%的經濟收益。
2.如果這個專利屬於非職務發明專利，那麽這個專利屬於妳個人。妳申請了專利之後，妳就是專利權人。壹個公司要實施專利，需要得到專利權人的許可，也就是妳。這種情況下，單位不需要給妳發獎金。妳給多少錢就賺多少。
從妳說的情況來看，這個專利應該屬於前者，也就是專利權人是妳們公司。那麽，900元和600元都不應該扣。可以找單位領導追回來。如果單位拒絕，可以嘗試向勞動仲裁委員會申請仲裁。如果仲裁委不服，可以向其索要駁回通知書，然後直接向人民法院提起訴訟，依法維護自己的合法權益。