《個人所得稅法實施條例》第十條規定，個人所得的形式，包括現金、實物、有價證券和其他形式的經濟利益。所得為實物的，應當按照取得的憑證上所註明的價格計算應納稅所得額;無憑證的實物或者憑證上所註明的價格明顯偏低的，參照市場價格核定應納稅所得額。所得為有價證券的，根據票面價格和市場價格核定應納稅所得額。所得為其他形式的經濟利益的，參照市場價格核定應納稅所得額。
因此，該自然人以非專利技術使用權投資入股，向公司提供專有技術並取得公司股權，屬於提供非專利技術使用權取得其他形式的經濟利益(公司股權)，自然人應按“特許權使用費所得”繳納個人所得稅。
2、根據國稅函[2005]319號，第二條、個人以評估增值的非貨幣性資產對外投資取得股權的，對個人取得相應股權價值高於該資產原值的部分，屬於個人所得，按照“財產轉讓所得”項目計征個人所得稅。稅款由被投資企業在個人取得股權時代扣代繳。但是該文發出後，又收回，請項當地稅務機關具體詢問如何操作，在進行處理。
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