分案申請適用的各種法定期限，例如，提出實質審查請求的期限，應當從原申請日起算。對於已經屆滿或者自分案申請遞交日起至期限屆滿日不足兩個月的各種期限，申請人可以自分案申請遞交日起兩個月內或者自收到受理通知書之日起十五日內補辦各種手續。期滿未補辦的，審查員將發出視為撤回通知書。 例如，壹件發明專利申請甲，其申請日為 2009 年 10 月 15 日，申請人於 2012 年 9 月 1 日提出實質審查請求， 該申請於 2012 年 9 月 30 日進入實質審查階段。申請人於 2012 年 11 月 1 日提交分案申請乙。此時，針對分案申請乙，提出實質審查請求的期限仍應當從原申請日，即從 2009 年 10 月 15 日起算。由於遞交分案申請乙時該期限已經屆滿，因此，申請人可以在分案申請乙遞交日 (2012 年 11 月 1 日 ) 起兩個月內提出實質審查請求。
需要註意的是，分案申請的保護期限是從原申請日開始計算。這壹點與要求優先權的申請的保護期限不相同，要求優先權的專利的保護期限是從實際申請日起計算的。對於分案申請，應當視為壹件新申請收取各種費用。對於已經屆滿或者自分案申請遞交日起至期限屆滿日不足兩個月的各種費用，申請人可以自分案申請遞交日起兩個月內或者自收到受理通知書之日起十五 日內補繳。期滿未補繳或未繳足的，審查員將發出視為撤回通知書。以上壹案例為例，由於遞交分案申請乙時繳納實質審查費的期限已經屆滿，因此，申請人可以在分案申請遞交日 (2012 年 11 月 1 日 ) 起兩個月內補繳實質審查費。
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