分子標記在園藝植物上主要應用在植物育種方面。利用分子標記不僅能進行優良種質的鑒定篩選、親本間的親緣關系分析、遺傳多樣性保持和利用，而且可以進行分子標記選擇、轉移聚合目標基因等其他諸多環節，如植物系統發育關系分析、品種註冊、專利保護、體細胞雜種鑒定、新品種保護等。從廣義角度來說，分子標記不僅可以對目標性狀進行有效遺傳操縱，還可以根據對目標基性狀遺傳組成的深入了解，聚合有利基因，加快植物育種進程。詳細內容請參考生物技術及植物育種學相關書籍。