在分子標記中，顯性和* * *顯性是指等位基因的PCR擴增產物(DNA片段)。顯性標記如RAPD、ISSR，PCR產物無法準確判定，無法區分雜合性，只能分析有無條帶，記錄為0/1；而SSR等* * *顯性標記可以區分雜合子，即可以顯示二倍體和多倍體染色體DNA上的不同變異，不僅可以根據擴增產物的長度(bp)記錄和分析0/1，而且* * *顯性標記還可以區分雜合子，即如果同源染色體上同壹位點存在插入、缺失等變異，即使。
因此，* * *顯性標記在揭示遺傳多樣性方面比顯性標記有更大的優勢。更重要的是，SSR引物是根據保守的外顯子序列，即已知的DNA序列開發的，在基因組中具有特定的位置，因此被廣泛用於QTL分析。