化學系高度重視科學研究和創新，堅持理論與實踐相結合、基礎與應用並重的傳統。近年來，以能源材料化學和生命健康化學為重點，積極開展面向國民經濟和社會發展的高新技術及應用開發研究。2000年至2008年，承擔國家及有關部門科研項目800余項，共獲得基金資助331億元，發表科研論文2690余篇。2008年實際科研經費超過5000萬元。在研的225個項目中，國家973項目及子項目22個，12 863子項目，國家自然科學基金重點項目1，上海市重點項目7個。在《自然·材料》、《JACS》等國際知名雜誌發表SCI論文325篇，其中IF & gt三個占30%以上；授權專利49項。近年來獲得國家自然科學二等獎、國家技術發明二等獎、國家科技進步二等獎1，上海市及各部委自然科學壹等獎1，科技進步壹等獎8項、二等獎7項，技術發明壹等獎、二等獎1，何梁何利基金“科技進步獎”2項，“上海市自然科學牡丹獎”2項。根據2004年ESI數據庫2011月的數據，復旦大學化學論文的總被引次數排名世界第40位。論文平均引用率居國內高校第壹。
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