中國藥協科技發展中心由辦公室、財務辦公室、信息技術部、市場運營部、客戶服務部、技術培訓部、科技服務部、機構聯絡部、數據處理壹部、數據處理二部組成。主要任務是:承擔“全國醫藥經濟信息網”的建設和管理，為政府部門、醫療機構和醫藥企業提供醫藥經濟和市場信息服務；承擔社會委托的國家醫學科技成果推廣和轉化任務，組織全國醫學新技術交流、新成果推廣和專利咨詢服務；承擔有關醫藥經濟政策、藥品監督管理和醫藥發展的研究事項，組織管理各級政府和醫藥科研、生產、服務機構委托的軟科學研究項目；承擔中國科協“普及公民健康知識科技行動”辦公室職能，統籌協調中華醫學會、中華預防醫學會、中國營養學會、中國食品學會、中國體育協會的科普活動。