個人申請屬於個人，與公司無關。職務發明由個人申請，容易引起專利權屬糾紛。公司申請的權益歸公司所有，不存在權屬糾紛。在高新技術企業的認定和公司上市方面相對容易操作。
個人申請經濟困難的，可以享受減免，前三年緩交年費，只要交15%；公司申請比較貴，但是在某些領域可以享受政府補貼。
個人申請不利於品牌推廣，公司申請有利於企業品牌推廣和後期融資。
個人申請可以享受減免，部分有所在區政府資助；公司在某些領域可以享受政府補貼、優惠評審、申報高新技術企業、專利質押等。
從成本上看，似乎個人申請更好，但如果是針對企業，長遠來看還是以公司名義申請更好。