DNA序列測定分手工測序和自動測序，手工測序包括Sanger雙脫氧鏈終止法和Maxam-Gilbert化學降解法。自動化測序實際上已成為當今DNA序列分析的主流。自動化測序是在Sanger法基礎上發展而來的。
DNA測序的原理，要答 Maxam-Gilbert化學降解法、Sanger雙脫氧鏈終止法和現在發展起來的焦磷酸化測序的原理。
如果說現在最常用的測序原理，應答自動化測序：采用毛細管電泳技術取代傳統的聚丙烯酰胺平板電泳，應用該公司專利的四色熒光染料標記的ddNTP(標記終止物法)，因此通過單引物PCR測序反應，生成的PCR產物則是相差1個堿基的3'末端為4種不同熒光染料的單鏈DNA混合物，使得四種熒光染料的測序PCR產物可在壹根毛細管內電泳，從而避免了泳道間遷移率差異的影響，大大提高了測序的精確度。由於分子大小不同，在毛細管電泳中的遷移率也不同，當其通過毛細管讀數窗口段時，激光檢測器窗口中的CCD(charge-coupled device)攝影機檢測器就可對熒光分子逐個進行檢測，激發的熒光經光柵分光，以區分代表不同堿基信息的不同顏色的熒光，並在CCD攝影機上同步成像，分析軟件可自動將不同熒光轉變為DNA序列，從而達到DNA測序的目的。
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基因組測序的原理：則涉及到樣品的制備、大規模的測序，以及序列分析等
參見/teq/454-GS_FLX.shtml