根據專利法和實施細則的相關規定，只要具有三性：新穎性、實用性、創造性，就可以申請專利，顯而易見，很多商業方法是具有這些特性的，而且在發達國家，比如美國、日本等等，已經有了很多該類專利，比如日本電通公司用於起訴國內壹些電子商務公司的專利，就是典型的商業方法專利，像亞馬遜之類的公司，是掌握了大量類似專利的。比如Dell為它特有的直銷模式申請的 “在按訂單生產中配置軟件的流程”專利。
回過頭來說，目前商業方法專利種類可包含電信通訊、金融與財務、訂購運送以及所有有關互聯網絡應用和電子商務相關的專利。您所說的ERP系統無疑是可以申請專利的。
專利和版權（這裏應該是指軟件著作權）是不矛盾的，因為保護的內容不同，如果ERP申請專利，保護的核心是流程和方法，不涉及到軟件程序的內容。而軟件著作權登記就是對軟件的編碼內容進行登記，所以兩者完全可以同時申請。
上個月我代理了壹個運營成本管理系統的專利，就是您所述的ERP系統的。