在改革中，該中心積極轉變觀念，突破衛生防疫舊模式的束縛，積極探索疾病防控新途徑，明確機構目標定位和職能定位，主動轉移工作重心，不斷提升公共衛生服務水平。先後榮獲全國計劃免疫、結核病防治、職業病防治、慢性病防治先進集體、省委省政府抗擊非典先進集體、省市級文明單位等稱號。
堅持走“科教興防”之路，自1999以來，中心承擔市級以上科研項目38項，獲得省市科技進步獎19項，發表專業學術論文303篇，其中國家級166篇。2000年，國內首次證實大腸桿菌基因組中攜帶的壹個與細菌毒力相關的DNA片段是導致嬰幼兒不明原因腹瀉的原因，並首次發現ε型緊密素的壹個新亞型。2002年，“快速消除蔬菜中有機磷農藥殘留”的研究成果在申請國家發明專利後轉化為產品“凈菜寶”，受到社會好評，有效預防和控制了因蔬菜中有機磷農藥殘留引起的食物中毒。2003年4月24日，在患者咽拭子中檢測出SARS病毒的基因片段，這是當時國內較早的單位。2003年5月，主持研發“非典防控用移動床單元負壓罩”，獲國家發明專利。5438年6月至2005年10月，調查發現我國首例布氏桿菌病人傳人病例。5438年6月至2005年2月，我國首次從社區獲得性胃腸炎患者體內分離出海鷗形細菌。