好氧微生物處理汙水的方法現行為活性汙泥處理法。活性汙泥中復雜的微生物與廢水中的有機營養物形成了復雜的食物鏈。最先擔當凈化任務的是異氧菌和腐生性真菌，細菌特別是球狀細菌起著最關鍵的作用，優良運轉的活性汙泥，是以絲狀菌為骨架由球狀菌組成的菌膠團。沈降性好，隨著活性汙泥的正常運行，細菌大量繁殖，開始生長原生動物，是細菌壹次捕食者。活性汙泥常見的原生動物有鞭毛蟲、肉毛蟲、纖毛蟲和吸管蟲。活性汙泥成熟時固著型的纖毛蟲、種蟲占優勢；後生動物是細菌的二次捕食者，如輪蟲、線蟲等只能在溶解氧充足時才出現，所以當出現後生動物時說明處理水質好轉標誌。
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