國內在分子生物學的基礎研究上與國外相比，的確存在著較大的差距，我國在科研成果產業化方面存在著較大的制度缺陷。首先, 在投融資體制方面，我國還沒有建立起成熟的適應於知識經濟時代的投融資體制，如風險投資基金、國家高新技術產業投資基金、中小企業的場外股票交易市場等，因此許多科研成果在轉化為生產力的過程中，資金上存在著瓶頸效應。由於開發壹個基因的工程藥品，其經費的投入往往是壹般藥品的十倍以上。有很多廠家研究的產品均因前期投入巨大而後續資金無法跟上使進程停頓。故經費嚴重不足，壹直困擾著生物工程產品的上、中、下遊的發展。
由於中美知識產權談判成功“復關”臨近，基因工程藥物與其他藥物壹樣，同樣存在著十分嚴峻的形式，即“專利侵權”問題，據中美雙方意見，1986年以前專利，中國可仿制，1986年以後的仿制，即有“專利侵權” 問題。1986年以前的基因工程藥物批準僅有：人胰島素，人生長激素，α、γ幹擾素，白介素—2等品種，其余的品種均是1986年以後的“專利侵權”產品。 國內的研究人員也在積極工作，繞過“專利”的障礙，如EPO的成功。
我國的新品審批管理法規及程序上仍需進壹步完善，新品審評的專家隊伍亦需更新，專業審查人員的技術水平，學術水平及實踐經驗均應提高，否則會影響新藥的市場開發速度，造成資金浪費，影響民族工業的發展。