人們對於微軟能否采用專利摧毀Mono項目進行了大量的爭論。其實，專利問題不在於已被提交到ECMA組織的核心技術或Unix/Gnome的專有部分，而在於由微軟基於.NET Framework創建的技術，例如ASP NET，ADO NET和Windows Forms。這些技術在Mono中至今還沒有被完全地實現，事實上，在開發Mono應用程序時也不需要用到，然而，在開發基於Windows平臺的程序時卻是不可缺少的。 Mono團隊將目標定為將這些技術納入到項目中，並制訂了壹個三步走策略來處理它們：
采用其它實現方式來實現從而繞過專利問題
把包含專利的代碼清除出項目
找出“現有技術（prior art）”從而將專利變為非專利
顯然，第壹個選項並不總是可行的。對於壹些問題，例如那些與協同工作和交互相關的，可能就只有壹種解決方案。由於這個相同的原因，盡管第壹個選項總是可行的，它卻可能導致壹個開發出來的產品並不能作為.NET的替代品。第三個選項則是昂貴的，甚至不可能的，這需要壹定程度的運氣。