1.地點不同:昆山站位於江蘇省蘇州市昆山市人民南路1號，昆山南站位於蘇州市昆山市創業路999號。
2.班次不同:昆山站的班次有特快列車、特快列車、特快旅客列車，而昆山南站的班次以高鐵列車為主，如G7214、G2614、G9242、G1378。
3.建設時間不同:昆山站1905建成，昆山南站10 7月投入使用。