他創制的農藥新品種氟嗎啉是我國有史以來第壹個真正實現工業化、具有自主知識產權的農藥品種，第壹個獲得中國發明專利的農用含氟殺菌劑，第壹個獲得美國和歐洲發明專利的新農藥品種。該品種具有高效、低毒，對作物、人類、環境安全等特點，深受農民的歡迎。該品種自投產已來，產生了數十億的社會效益，並創造六千多萬元利稅。獲中國發明專利獎金獎、遼寧發明專利獎特別金獎，中國石油和化學工業技術發明壹等獎(排名第壹)，國家技術發明獎二等獎(排名第壹)。
劉長令通過多年探索、研究和總結初步發現了適宜於我國國情的新農藥創新研究方法即“中間體衍生化方法結合生物等排理論”。可快速發現先導化合物，最終獲得具有自主知識產權的新產品。該方法已初見成效，並可推廣應用。在他的指導下，新藥室科研人員在1997至2006年間，先後發現30多個高活性化合物。田間試驗和毒性試驗結果表明至少4個具有自主知識產權的新產品在產業化開發中，均獲國家科技部“十壹五”科技支撐計劃的資助。
劉長令及其合作者***申請中國發明專利28件，已公開22件，授權12件；申請國外專利23件，已公開12件，授權3件。