除了文本相似度比較，查重系統還會進行算法分析，通過特定的算法對論文進行分類識別。算法會根據論文的語義、語法、結構信息，判斷論文是否存在抄襲或其他不良行為。
目前市面上有很多論文查重系統，如知網、維普、paperfree、papertime、萬方等。所有這些系統都可以檢查論文的重復，但是重復檢查的結果可能不同。因此，在選擇紙質查重系統時，壹定要選擇與學校或機構相同的查重系統，以保證查重結果的準確性。
論文查重系統是壹個輔助工具，可以幫助發現和防止抄襲，但不能完全代替人工審核。同時，在寫論文的時候，也要遵守學術規範和道德標準，避免抄襲等不良行為。