妳說的這個問題，屬於民事主體的司法救濟途徑問題。
我的看法如下——
1、企業作為市場經濟的主要主體，在行政法規下，企業屬於行政相對人，行政機關是行政管理人；行政管理人與行政相對人的關系是管理與被管理的關系，不是平等主體的關系。而仲裁是平等主體之間解決民事糾紛的壹種途徑。
2、企業因為發明專利被行政機關駁回，不可以通過仲裁解決問題，道理有二：
（1）企業與行政機關之間的關系不是平等主體之間的關系；
（2）企業與行政機關之間的的事務不是可以仲裁的範圍。
3、企業不可以通過仲裁解決，但是，可以通過行政復議和行政訴訟解決。
上述看法，供妳參考。