20世紀的“兩期試點”開啟了茅臺對釀酒微生物的研究。早在20世紀的“兩相試點”中，茅臺就對釀造微生物進行了分離鑒定，以期通過對微生物的研究來揭示茅臺酒的品質秘密。2005年，茅臺與中科院微生物研究所合作，建立了行業首個白酒微生物菌種資源庫，以可培養的方式保存了79種微生物菌種，首次揭示了茅臺酒釀造過程中微生物的種類和數量。2012高通量測序引入技術，宏轉錄組學和宏蛋白質組學相繼整合。有了這些微生物研究的“利器”，對微生物的研究可以從“量變”到“質變”。
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