AFLP可分析基因組較大的作物，其多態性很強，利用放射性標記或銀染法在變性的聚丙烯酰胺凝膠上可檢測到 100~150個擴增產物，因而非常適合繪制品種的指紋圖譜及進行分類研究。因此，AFLP技術雖產生不久卻倍受青睞，已應用於水稻、大豆、大麥、馬鈴薯和白菜等多種作物上。研究表明，AFLP產生的多態性遠遠超過 RFLP和RAPD等技術，因而被認為是指紋圖譜技術中多態性最豐富的壹項技術。但該技術已申請專利，在生產及商業上的應用受到壹定的限制。