1.計算機視覺研究所
長航科學院計算機視覺研究所成立於2010，為二級科研機構。研究所擁有圖像處理軟件、虛擬現實軟件等工具，以及三維系統、機械反饋系統等實驗設備。研究方向主要包括內容圖像檢索、運動目標檢測與跟蹤、大規模自然場景建模等。發明專利申請6項。
2.物聯網與大數據研究所
長航科學院物聯網與大數據研究所成立於2010，由無線傳感器網絡實驗室發展而來。早在2003年，該研究所就開始研究物聯網的關鍵技術:無線傳感器網絡技術。主要研究方向有:網絡拓撲與結構、網絡鏈路層質量檢測、物聯網數據壓縮感知等。發明專利申請10件。
3.無人機站
長航院無人機所成立於2010，主要負責無人機及相關領域的研發工作。該所主要研究方向是低成本中、小型無人機的研發，逐步形成無人機系統總體設計和飛機設計。為無人機技術的產業化和標準化提供了產業技術服務平臺和合作交流的交流平臺。