學院的科研工作以新藥的基礎和應用開發研究為主體，建有廣東省新藥篩選重點實驗室，為高等院校、醫藥企業提供新藥篩選和評價的公***技術平臺服務。學院先後承擔了國家重點攻關課題、國家“863”和“973”課題、國家“1035” 工程、國家新藥基金、國家自然科學基金、廣東省團隊基金和重點課題以及廣州市重點基金等研究課題50余項；獲得了壹批軍隊和省部級以上的科技進步獎和國家新藥證書；在國際、國家核心期刊上發表了500余篇科研論文，形成了壹批具有自主知識產權的科研成果，取得了顯著的經濟與社會效益。目前，藥學院的全體老師本著團結、務實、開拓的人文精神，不斷深化教學改革，努力攀登科技高峰，向著國內壹流藥學院的目標而努力奮進。
學院近五年來，承擔了國家“973” 計劃項目、國家自然科學基金重點項目、國家新藥創制重大科技專項、國家艾滋病重大專科技專項、粵港關鍵領域重點突破招標項目、教育部重大項目培育基金等國家、教育部、省市級課題 100 余項，研究經費 6000 余萬元。在 Nat Rev Microbiol，Blood，Biomaterials，Chem Comm, J Virol，Mol Pharmaceut，Mol Pharmacol，J Biol Chem等國際著名期刊上發表了SCI 論文 160 余篇，申請和獲得國家發明專利、國際 PCT 專利 50 余項。獲廣東省科技進步二等獎 1 項，三等獎 1 項，中華中醫藥學會科技壹等獎 1 項。主編或參編專著 19 部，其中教材 11 部。發表教學論文 70 篇，獲教學成果獎 4 項，各級教研項目 21 項。