南京大學環境工程專業肇始於1978年成立的部批環境科學研究所和1984年成立的環境科學系，1993年更名為環境科學與工程系，1999年成立環境學院，同時獨立設環境工程系。現既招收本科生，也招收碩士、博士生，且與環境科學壹起在全國首批獲得環境科學與工程壹級學科博士學位授予權，設有博士後流動站，並與同濟大學***建有“汙染控制與資源化研究國家重點實驗室”。
環境工程專業擁有壹支老中青年齡結構合理活躍在學科前沿的教師隊伍，其中環境工程系現有國家級和省級突出貢獻專家各壹名，江蘇省333人才工程第二層次（國家級學科帶頭人）和第三層次培養對象各壹名，教授七名，博導六名，副教授七名，高工兩名。
環境工程系在2000年內獲得江蘇省和教育部科技進步二等獎各壹項，2001年獲得國家科學進步二等獎壹項，並在國家科技部選中的8項環保類重大科技推廣項目中占有壹項，獲得和申請國家專利近百項。
環境工程系現主持有科技部“863”重大科技專項、國家自然科學基金、教育部科學技術重點項目、各部門地方科研項目以及大量的汙染防治工程項目。科技活動覆蓋水汙染防治、固體廢棄物處理處置、大氣汙染防治、清潔生產工藝技術開發、環境材料及環境修復等領域。