歐洲專利局負責歐洲專利的審查、授權和異議，對於歐洲專利的維持、行使、保護，以及他人請求宣告歐洲專利無效，均由各指定國依照本國專利法進行。
歐洲專利申請審查流程為：1、提出申請；2、檢索；3、公布專利申請；4、提出實質審查請求和實質審查；5、歐洲專利授權（如有）；6、異議（如有）；7、生效（如有）。
在歐洲專利被授權後，通常有9個月的異議期，允許第三方對此項專利的授權提出異議。如果在異議階段無人提出異議，或者異議程序已經結束，所有與此歐洲專利有關的問題由生效國的專利局各自進行處理。
歐洲成員國生效，壹般在收到授權通知後，申請人需決定在指定國名單中選擇生效國，並通知歐洲專利局該專利在哪些國家生效。
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