葡萄牙發明專利申請程序與我國基本壹致，申請流程為：專利申請、形式審查、實質審查、專利授權。但在各個環節都略有區別，葡萄牙發明專利申請提交後，在壹個月內進行初審，若不符合形式要件，申請人有兩個月補正期。初審合格後，從申請日(有優先權日的指優先權日)起滿18個月即對專利申請文件進行公開，申請人也可要求提前公開，申請公開後兩個月內若無人提出異議則直接進行實質審查階段，但若有人在兩個月內提出異議則申請進入異議程序。當局在異議期滿後壹個月內做出審查結果報告，若經審查認為不應授予專利權，則申請人可在兩個月內陳述答辯意見，若答辯意見不被接受，申請人仍應有壹個月爭辯期。審查報告及授權與否的決定都將被公布。