千菌坊擁有14項專利，北京千菌坊微生物研究所擁有多項知識產權，其中註冊商標122項，專利信息14項，軟件著作權7項。千菌坊創建了以“治疑難病、調慢性病、防疾病”為基礎的“菌藥”體系，深入研究應用了近300種食藥用菌，研發出280多個菌藥配方，獲得多項發明專利，擁有全國唯壹的79個菌藥健康應用產品標準和280多個有效的全菌臨床配方。千菌方研究應用中心北京微生物研究所致力於發展“微生物醫學”體系，倡導用全菌復方治療疾病，對近300種食藥用菌進行了深入研究。
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