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問壹個關於重疊PCR的問題

我試圖增加重疊區域的長度,但結果看起來不太好。80bp重疊區的擴增效果優於200bp重疊區。我覺得原因可能是重疊區域太長,可能會造成更多的非特異性退火。

2.通過改變熱循環,可以起到壹點作用。我的方法是50-60C放大10倍,延伸時間設為AC和BD;接下來,將退火溫度直接升高到72C,通過兩步法進行30次擴增,並將延伸時間設定為AD的延伸時間。雖然還是沒有得到理想的結果,但是最多的碎片還是AC和BD,長的碎片非常非常弱。

3.正如Mybbff版主所說,我也試著調整了引物濃度。我看過韓健的專利技術TEM-PCR,其中的關鍵點是調整引物濃度實現片段富集。結合溫度變化,把B和C的濃度降到很低,我做到了A和D,B和C相差50倍..我的想法是把BC的濃度調整到壹個很低的水平,讓它在對數擴增期之前耗盡,只允許TM非常高的引物延伸下壹個72C。

4.目前我還沒有得到理想的結果,長碎片的量也遠不如AC和BD。我的想法是在設計引物和重疊區域的時候要多加註意。引物在TM值上壹定差距很大,a,d >;b、C、A、D引物稍長。符合這些變化,然後調整程序,我相信會成功的。

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