2005年12月31日，《新語絲》揭發丘小慶發表在《Nature Biotechnology》上的“An Engineered multidomain bactericidal peptide as a model for targeted antibiotics against specific bacteria”壹文造假。並被《新語絲》指稱為“中國黃禹錫”。
2006年1月11日，四川新泰克公司提出仲裁請求，指控四川大學華西醫院轉讓給新泰克公司的丘小慶“抗金葡菌多肽”發明專利不存在，要求華西醫院賠償500萬元。
2006年2月5日，成都市武侯區法院受理丘小慶的訴訟請求，開始審理在新語絲發文者是否侵害丘小慶名譽權壹案。
2006年4月17日，四川大學舉行新聞發布會，公布對丘小慶論文的實驗驗證結論：丘小慶所發明的多肽是真實的。
2007年8月，丘小慶再次在《Nature Biotechnology》上發表“Small antibody mimetic comprising two complementarity-determining regions and a framework region for tumor targeting”壹文。
2009年6月24日，成都市仲裁委員會終局裁決：新泰克公司與華西醫院簽訂的《丘小慶專利轉讓協議》終止執行；新泰克公司向華西醫院賠付專利轉讓費100萬元；新泰克公司承擔仲裁費用。
2009年11月9日，成都中級人民法院終審判決：在《新語絲》發文者向丘小慶公開賠禮道歉。
2010年3月，著名的德國Springer出版社將出版由R. Kontermann & S. Dubel主編的《抗體工程》專著。應主編的邀請，丘小慶在書中撰寫第21章“CDR-FR peptide”。