第壹輪評估於2002-2004年分三次進行(每次評估部分學科)，共有229個單位的1366個學科參與評估。
第二輪評估在2006-2008年進行了兩次，有來自331個單位的2369名受試者參加了評估。
第三輪評價於2012年進行，共有* * * 391個單位的4235名受試者參與評價。
第四輪國家學科評估於2006年4月啟動。按照“自願申請、自由參與”的原則，采取“客觀評價與主觀評價相結合”的方法。評價體系在前三輪的基礎上做了很多創新；評價數據以“公開數據與單位申報相結合”的方式獲取；評價結果以“分級”方式呈現。
具體方法是按照學科總體水平得分的百分位數公布九個年級中排名前70%的學科:排名前2%(或前2名)的為A+，2% ~ 5%的為A(不含2%，下同)，5% ~ 10%的為A- 10。
第五輪學科評估包括兩大舉措:
壹是強化人才培養中心的地位，如強化學習質量與畢業質量相結合的學生質量評價:學習質量突出學生“德、智、體、藝”全面的代表性成果，註重學生的參與和貢獻；畢業質量堅持整體就業質量和職業發展質量相結合，註重用人單位評價。
二、堅決破除“五才”頑疾，如評價教師不僅要看學歷和職稱，更不能設置人才“帽子”指標，避免以職稱片面評價學術水平的做法。評價科研水平不限於論文和獎項，設置“代表性學術著作”、“專利轉化”、“新藥研發”等指標，多維度評價科研成效。