日本農業耕地面積的另壹特點是，農家每戶平均耕地面積較小。2006年日本每戶農地面積為1.8公頃，而歐盟國家2005年平均是16.9公頃，美國2005年是180.2公頃，澳大利亞2004年每戶有3423.8公頃。
日本耕地面積的減少的直接原因，壹是農民棄耕而使土地撂荒（為主要原因），二是耕地被用作住宅用地。據介紹，棄耕嚴重的背後原因包括，日本的土地貴，人力貴，而農產品的價格卻相對不高；農民高齡化，而其子女卻不想從事農業，農地沒有後繼耕作者等。
使農田肥力不斷下降，同時，大量化學物質流失到水與空氣中，造成環境汙染。近年來，我國的壹些湖泊富營養化現象極為嚴重，其中也有湖泊上遊、湖泊周邊農地種植中農藥化肥流入的因素。在日本，代表團考察了日本最大的湖泊--琵琶湖，其治理的經驗非常值得借鑒。日本政府通過立法等措施，對施肥、排水、田間水面、畜舍構造等各方面做出規定。例如，農田灌溉不是大水漫灌，而是采取浸潤灌溉、噴灌、滴灌等節水措施，並且合理施用化肥、農藥。還采取壹些綠色覆蓋、免耕種植等措施，從源頭上控制了對琵琶湖的汙染。