第壹，技術難題。因為日本在氫能源開發利用比較早，所以大部分專利都在日本人手上，因此其他國家在開發時會面臨很多技術壁壘和難題，這是其他國家不願意面對的。
第二，安全問題。盡管現在儲氫及設備很高效，但是目前技術上無法解決的是儲氫設備遇到高溫或者碰撞之後的泄露及氫氣爆炸問題。
第三，基礎設施配套問題。目前加氫站與普通加油站相比，投資比較大，還面臨著運氫及加氫設施和設備配套問題。
第四，還是成本問題。以上三個因素都造成了制氫、儲氫、運氫、加氫及配套設備的成本過高，跟其他新能源沒有優勢。
相比之下，我國有著巨大的水力資源、沙漠資源（也可以轉化為風能和太陽能資源）和特高壓輸電技術。而且充電設備成本也要廉價和方便的多。因此，氫燃料電池只是部分實驗性的發展方向，而光伏、風電及鋰電池等新能源才成為了目前中國的主要發展主流。