近五年，學校自然科學科研實力大幅提升，在《科學》《自然》《細胞》及其子刊等國際高水平學術期刊上發表論文110篇；獲國家自然科學二等獎4項，何梁何利基金科學與技術進步獎1項；3人獲“全國創新爭先獎”，3人獲“中國青年科技獎”，3項成果獲中國專利優秀獎。學校人文社會學科研究實力雄厚，近五年***承擔國家社科基金重大項目21項，教育部哲社研究重大課題攻關項目8項；16項成果獲教育部第七屆高等學校科學研究優秀成果獎（人文社會科學），其中壹等獎1項；廈門大學在臺灣研究、南洋研究、高教研究、經濟研究、會計研究、南海研究等領域已經形成自身特色，實力居國內高校前列。