五年來，學校科研實力大幅提升，在Science、Nature、Cell及其子期刊等國際高水平學術期刊上發表論文110篇。獲國家自然科學二等獎4項，賀亮合力基金科技進步獎1項；3人獲“國家創新獎”，3人獲“中國青年科技獎”，3項成果獲中國專利優秀獎。學校在人文社會科學方面有很強的研究實力。五年來承擔國家社科基金重大項目21項，教育部哲學社會科學重大研究項目8項。16成果獲教育部第七屆高等學校科學研究優秀成果獎(人文社會科學)，其中壹等獎1；廈大在臺學、南洋學、高教學、經濟學、會計學、南海學等領域形成了自己的特色，實力在全國高校中名列前茅。