(1)應用地域的特殊性。商業方法專利作為壹種與互聯網和計算機密切相關的專利，其應用的地域也具有自身的特點。在互聯網不斷發展的今天，網絡貿易量大幅度增長，商業方法專利的應用以互聯網為限，覆蓋了整個虛擬空間。商業方法專利地域的擴大使得其所涉及的利益集團更為廣泛和復雜，壹國不僅要考慮本國的利益集團，還要考慮其他國家的利益集團，更重要的是它涉及到了國際市場爭奪和國家產業安全的問題。
(2)擴大的獨占性。商業方法專利壹般可以從三個方面考慮其主體部分。即：理念，軟件程序和控制系統。壹項商業方法專利的主體，是決定其權利範圍的決定因素，而主體在理念層面的商業方法專利是最具排他性的，即使其他商業行為采用的是不同的軟件程序和控制系統，但只要使用了與該商業方法專利的相同或者相似的理念，就可以判定這壹商業行為是侵權的。
(3)市場壽命短。與其他普通的專利產品相比，商業方法專利產品實質上的市場壽命是很短的，究其原因，在於當今網絡和計算機技術的迅速發展，使得商業方法在軟件程序和控制系統上的發展也十分迅速，更新換代的速度遠遠超過了壹般的普通專利。