顧敏擔任董事長，原陸金所副總經理黃黎明擔任籌備組組長、副行長，分管個人消費信貸；原中國人民銀行深圳市中心支行支付結算處處長萬軍，擔任副行長，負責運營管理，原深圳銀監局政策法規處處長秦輝擔任副行長，分管後臺與稽核外，其他高管也補充到位。
微眾銀行高管層大部分來自平安系，但目前中低層尤其是產品開發和營銷人員大部分來自互聯網，其中來自騰訊的員工達40% 。