1、如果腎囊腫直徑少於2厘米，無腎盂腎盞明顯受壓，無感染、惡變、高血壓，或癥狀不明顯者，只需密切隨訪觀察，定期B超復查。
2、腎囊腫可以使用穿刺放液等的方法治療，適用於直徑大幹4厘米時腎囊腫合並囊內感染者。
3、穿刺放液加硬化劑治療，（穿刺對囊腫損害大）適用於囊腫直徑大於4厘米，有癥狀，經檢查排除惡性變感染的患者。局部皮膚有感染者，有嚴重出血傾向的患者不能用此方法。
4、腎囊腫的手術治療方法，（手術治療風險大易復發）適應於囊腫合並感染，穿刺放液治療失敗。囊腫惡性變。穿刺加硬化劑治療失眠。巨大腎囊腫。嚴重心肺肝腎功能障礙不能耐受手術，囊腫惡性變有遠處轉移者禁用此方法。經腹腔鏡手術作為腎囊腫手術治療的壹種，其效果尤為顯著。
5、腎囊腫中醫“腎囊消腫方”治療方法，（中醫治療不復發）適應囊腫直徑小於6厘米，特色中藥抑制囊內液的分泌，並且對已經形成的囊腫進行縮小，避免增大、增多的囊腫對於腎臟的擠壓，而且能夠避免囊腫再次的長大。